Церковь построена в 1885 г., по распоряжению императора Александра III, Императорским православным палестинским обществом на средства императорской семьи, в память о матери  его, императрице Марии Александровне.  Построена на русском участке в древнем Гефсиманском саду, купленным в 1882 г. по инициативе начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме архимандритом Антонином (Капустиным).

Освящена в 1888 году в честь святой Марии Магдалины, что пришлось на 900-летие Крещения Руси. На освящении присутствовали великие князья Сергей и Павел Александровичи и великая княгиня Елизавета Феодоровна, решившая перейти в православие находясь здесь, на Святой земле.

С 1921 года в церкви хранятся мощи святых преподобномучениц великой княгини Елизаветы Федоровны и инокини Варвары.